สำนักคอมพิวเตอร์มีภารกิจหลักในด้านการประสานงาน การจัดทำ และการวางแผนแม่บทเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร ด้านการมีการใช้ระบบคอมพิวเตอร์และเครือข่ายของมหาวิทยาลัย ดำเนินการจัดให้บริการระบบคอมพิวเตอร์และเครือข่าย ด้านการพัฒนาระบบสารสนเทศเพื่อการบริหารของมหาวิทยาลัย ด้านการให้บริการห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์และอุปกรณ์เพื่อการเรียนการสอนและการวิจัย ตลอดจนด้านการให้บริการวิชาการ การฝึกอบรม และการให้คำปรึกษาด้านระบบคอมพิวเตอร์และอุปกรณ์
สำนักคอมพิวเตอร์ เป็นหน่วยงานหนึ่งในมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ได้เริ่มดำเนินงานอย่างเป็นทางการตั้งแต่ ปี 2525 ในรูปแบบของโครงการจัดตั้งสำนักบริการคอมพิวเตอร์ ต่อมาได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นส่วนราชการที่มีฐานะเทียบเท่าคณะ ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่องการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2536 วันที่ 29 ธันวาคม 2536 และให้มีสำนักงานเลขานุการในสำนักคอมพิวเตอร์ ในการบริหารงานของสำนักคอมพิวเตอร์นั้น มีผู้อำนวยการสำนักคอมพิวเตอร์ ทำหน้าที่ในการกำกับดูแล
ในการบริหารงานภายในสำนักคอมพิวเตอร์นั้น เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ และสอดคล้องกับภารกิจหลัก สำนักคอมพิวเตอร์ได้จัดแบ่งส่วนราชการภายในออกเป็น 4 ฝ่าย ได้แก่ สำนักงานผู้อำนวยการ, ฝ่ายระบบสารสนเทศ, ฝ่ายปฏิบัติการและบริการ และฝ่ายระบบคอมพิวเตอร์และเครือข่าย โดยได้ดำเนินการขออนุมัติและผ่านความเห็นชอบจากที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ เมื่อวันที่ 5 ตุลาคม 2544
ต่อมาในปี 2559 มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒได้เปลี่ยนเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ เพื่อรองรับการบริหารงานภายใต้การเป็นมหาวิยาลัยในกำกับของรัฐ สำนักคอมพิวเตอร์จึงได้ปรับโครงสร้างของหน่วยงาน โดยแบ่งออกเป็น 6 ฝ่าย ได้แก่ สำนักงานผู้อำนวยการ, ฝ่ายระบบคอมพิวเตอร์และเครือข่าย, ฝ่ายระบบสารสนเทศ, ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อการศึกษา, ฝ่ายปฏิบัติการและบริการ, ฝ่ายบริการคอมพิวเตอร์ องครักษ์
และตั้งแต่ 1 ตุลาคม 2568 ได้ทำการปรับโครงสร้างการแบ่งหน่วยงานภายในของสำนักคอมพิวเตอร์ ใหม่ ดังนี้
- สำนักงานผู้อำนวยการ
1.1 งานบริหารและธุรการ
1.2 งานปฏิบัติการและบริการ ประสานมิตร
1.3 งานปฏิบัติการและบริการ องครักษ์ - ส่วนเทคโนโลยีสารสนเทศ
2.1 งานระบบสารสนเทศ
2.2 งานระบบคอมพิวเตอร์และเครือข่าย
2.3 งานเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อการศึกษา